Pymol - apbs ثنائي - خيارات

حساب الكهروستاتيكي التكيف بواسون-بولتزمان حلالا (أبس) هو حزمة برامج لنمذجة حل الجزيئات البيولوجية من خلال حل المعادلة بواسون بولتزمان (ب). و ب هو نموذج تواصل شعبية تستخدم لوصف التفاعلات الكهروستاتيكية بين المذاب في المالحة، وسائل الإعلام المائية. تلعب الكهروستاتيكية المتواصلة دورا هاما في العديد من مجالات المحاكاة الجزيئية الحيوية، بما في ذلك: محاكاة العمليات المنتشرة لتحديد بروتينات بروتين يجند البروتين والبروتينات الملزمة، الديناميات الجزيئية المذيبة الضمنية للجزيئات الحيوية، والحساب، وحسابات الطاقة الملزمة لتحديد بروتين ليجند والبروتين - البروتين التوازن الثوابت ملزمة والمساعدة في تصميم العقاقير العقلانية، ودراسات المعايرة الجزيئية الحيوية. وقد تم تصميم أبس لتقييم كفاءة الخصائص الكهروستاتيكية لمثل هذه المحاكاة لمجموعة واسعة من جداول الطول لتمكين التحقيق من الجزيئات مع عشرات الملايين من الذرات. ونحن نقدم أيضا نماذج المذيبات الضمنية من حل غير القطبية التي تمثل بدقة لكل من التفاعلات المذيبات وجذابة المذيبات. كيفية حساب إلكتروستاتيكش: بعد أن قمت بإعداد الهياكل الخاصة بك من خلال الحصول على الهياكل جاهزة الصفحة، سترى وصلة لتشغيل النتائج الخاصة بك مع حلالا ويب أبس. اتبع هذا الرابط وسيتم توجيهك إلى صفحة ويب أبس. اضغط على تشغيل لتشغيل أبس باستخدام ملف الإدخال الذي تم إنشاؤه بواسطة خادم الويب PDB2PQR، أو انقر على خانة الاختيار لمشاهدة الخيارات المتقدمة (كما هو موضح أدناه). سطر الأوامر باستخدام ملف الإدخال أبس التي تم إنشاؤها بواسطة PDB2PQR (إما من خلال سطر الأوامر أو تحميلها من خادم الويب)، يمكنك تشغيل أبس مباشرة من سطر الأوامر على النحو التالي: بيمول أبس بلوجين حزمة بيمول الرسومات الجزيئية يمكن تشغيل كل من أبس و تصور إمكانات الكهرباء الناتجة. وفيما يلي تعليمات لأداء عرض توضيحي أساسي لكيفية الانتقال من إدخال بدب إلى مؤامرة هيكل وإمكانات في بيمول باستخدام أبس. توليد بير إنشاء ملف بير باستخدام الخطوات المبينة في الحصول على هياكل جاهزة حسنا مواصلة المثال مع فاسيكولين 2 (بدب إد 1FAS)، العصبية ثعبان الذي يربط أسيتيلكولينستريز سالبة الشحنة. تحميل ملف بير الذي قمت بإنشائه في بيمول (ملف فتح) واختيار تمثيل رسومي المفضلة لديك من التركيب الجزيئي. أداء الكهروستاتيكا الكالسيوم الذهاب إلى البرنامج المساعد أبس أدوات لفتح البرنامج المساعد حساب أبس. ضمن علامة التبويب الرئيسية لنافذة بيمول أبس تولس، حدد استخدام بور آخر، ثم قم بالاستعراض إلى (عبر اختيار بير: زر بير): أو أدخل المسار إلى ملف بير الخاص بك. هذه الخطوة ضرورية لضمان استخدام رادي والرسوم التي تم تعيينها من قبل PDB2PQR. تحت علامة التبويب أبس الموقع من نافذة أدوات بيمول أبس، إما تصفح ل (عبر أبس الموقع الثنائي: زر) أو إدخال المسار إلى أبس ثنائي ثنائي الخاص بك. ليس من الضروري توفير مسار إلى أبس psize. py ثنائي لمعظم الجزيئات الحيوية. ضمن علامة التبويب مواقع الملفات المؤقتة في إطار أدوات بيمول أبس، قم بتخصيص مواقع الملفات المؤقتة المختلفة التي تم إنشاؤها أثناء التشغيل. هذا يمكن أن يكون مفيدا إذا كنت ترغب في حفظ الملفات التي تم إنشاؤها لاستخدامها لاحقا. ضمن علامة التبويب تكوين نافذة أدوات بيمول أبس، اضغط على الشبكة تعيين لضبط المسافات الشبكة. القيم الافتراضية عادة ما تكون كافية لجميع ولكن الجزيئات الحيوية الأكثر اتهانا. ضمن علامة التبويب تكوين نافذة أدوات بيمول أبس، قم بتخصيص المعلمات المتبقية تكون الإعدادات الافتراضية عادة موافق. ضمن علامة التبويب تكوين نافذة أدوات بيمول أبس، اضغط على زر تشغيل أبس لبدء حساب أبس. اعتمادا على سرعة جهاز الكمبيوتر الخاص بك، وهذا قد يستغرق بضع دقائق. سيصبح زر تشغيل أبس غير محدد عند الانتهاء من الحساب. لاحظ أن تركيزات 0.150 M لأنواع 1 و 1 أيون غالبا ما تكون مفيدة للتأكد من أن الخصائص الكهروستاتيكية ليست مبالغ فيها بشكل مفرط. الكهرباء في بيمول وقد تم القيام ببعض العمل لإضافة عرض الأسطح المحتملة كهرباء إلى بيمول. كتب مايكل ليرنر في جامعة ميشيغان بعض الوظائف الإضافية بيمول التي تسمح لل بيمول بالتفاعل مع برنامج حساب كهرباء أبس. يمكن للمرء إعداد حساب أبس من داخل بيمول، ثم عرض إيسوسورفاسس الإيجابية والسلبية الناتجة. لاستخدام هذا الإصدار الخاص من بيمول في كور على محطة عمل لينكس، ببساطة اكتب: ثم من القائمة معالج، حدد أبس أدوات لإعداد نموذج كهرباء وحساب، وحدد كهرباء لعرض وعرض النتائج. كل من هذه المعالجات لديه زر مساعدة في حالة أبس أدوات، وعرض المساعدة هو في الواقع مفيدة. مخطط أساسي لكيفية المضي قدما: استخدام الموقع في مركز سان دييغو الحوسبة الفائقة لتحويل ملف بدب إلى شكل بير اللازمة ل أبس. ابدأ بيمول وحدد أبس تولس من القائمة ويزارد في سطر الأمر بيمول استخدم لوادبور file. pqr لقراءة في بور التي تم إنشاؤها أعلاه. انقر بزر الماوس الأيسر مع الاستمرار على زر أدوات أبس على يسار الشاشة لعرض قائمة فرعية منبثقة. حدد تكوين للدخول إلى التهيئة لوظيفة أبس. قد ترغب في فحص وثائق أبس عبر الإنترنت. انقر بزر الماوس الأيمن مع الاستمرار على أدوات أبس لتحديد حساب. انقر على زر حساب، وانتظر بعض الوقت، اعتمادا على حجم جزيء الخاص بك. وبمجرد الانتهاء من أبس، سيتم تحميل أبسماب التي تحتوي على النتائج. إذا كنت قد قمت بتشغيل أبس بالفعل على نموذج ولديك ملف. dx، يمكنك تخطي خطوة الحساب. بعد تحميل معالج أدوات أبس، قم بتحميل الخريطة الموجودة من خلال: حدد إلكتروستاتيكش من القائمة ويزارد من معالج إليكتروستاتيكش، يمكنك تحديد مستويات مختلفة من الإمكانات الإيجابية والسلبية. يمكنك أيضا تشغيل سطح محايد للجزيء بأكمله باستخدام فدو المخزن المؤقت. إذا كنت ترغب في عرض مستوى إسوسورفاس التي ليست في القائمة المنبثقة، استخدم الأوامر التالية: حيث يمثل المستوى القيمة المطلقة للمستوى المطلوب. لجعل الأسطح شفافة، استخدم أمر الشفافية: على سبيل المثال. لتغيير الشفافية إلى قيم مختلفة للسطوح المختلفة، استخدم اسم السطح: على سبيل المثال. تنويه لاحظ أن هذه الأدوات هي نتيجة لبعض التخصيصات الشخصية من إصدار عفا عليها الزمن من بيمول، أنب للعمل في كور. لاحظ أيضا أن برنامج أبس هو حاليا في الإصدار 0.3.1. كل هذا يعني أن هذه الأدوات هي عمل تقريبي في التقدم. إذا كان لا يبدو أن تفعل شيئا الحق، فإنه ربما لا يمكن أن تفعل ذلك الحق. لا يمكن للموظفين الأساسيين تقديم مساعدة مفصلة مع هذه الأدوات. العودة إلى صفحة بيمول الرئيسية. ابس، PDB2PQR، بيمول، فمد جدول المحتويات: مقدمة ل PDB2PQR اتبع التعليمات الموجودة على موقعنا الحصول على هياكل جاهزة صفحة للوصول إلى خادم الويب PDB2PQR على الانترنت. هذا البرنامج بتغيير ملف بدب إلى تنسيق بر، مضيفا هدروجينز في عداد المفقودين، وبعض الذرات الثقيلة المفقودة، وتحسين هيكل البروتين. أولا، اتبع التعليمات على الرابط أعلاه للذهاب إلى موقع PDB2PQR. يجب أن يكون لديك بالفعل شكل البروتين المحدد pdb. org في الاعتبار. (على سبيل المثال سوف يكون استخدام البروتين 2HNY) منذ أريد ملفي لتكون متوافقة مع فمد، لكلا الإعدادات اسمه اختيار فورسفيلد لاستخدام: واختيار مخطط تسمية الإخراج للاستخدام، واختيار الخيار تشارم (بارس يعمل كذلك ). لتشغيل مع أبس، تحتاج إلى تغيير الإعداد في pdb2pqr لإدراج المسافات البيضاء بين اسم الذرة واسم بقايا، بين x و y، وبين y و z مع PDB2PQR، للأسف البرنامج حذف أي ليغاندس الضالة التي هي في جزيء، وهو ما يعني أن يتحول وفقا لذلك ملف MOL2 يجب أن تؤخذ (التي تتوفر معظم في موقع قاعدة بيانات زينك). تحميل ملف بدب أو بير ل أبس غير متصل بعد تشغيل PDB2PQR من الموقع، انقر على الملف تحت ملفات الإدخال المسمى شيء مثل 14084693082.pdb (العدد سيكون مختلفا ولكن سيكون لديك. pdb تنتهي). يجب أن يبدأ هذا التحميل (من المفيد إعادة تسمية الملف إلى 1FAS. pdb لأنه يحصل مربكة عندما يكون لديك العديد من سلاسل مختلفة من الأرقام لبروتينات مختلفة) الآن يجب تحميل نفس ملف مرقمة تحت ملفات الإخراج (ويسمى الألغام 1408469302. PQR). هذه المرة لا يمكنك النقر على ذلك (كما أنها سوف مجرد جلب صفحة ويب مع جميع المعلومات الموجودة في الملف. يجب النقر بزر الماوس الأيمن وحفظ الارتباط في هذه المرة. تأكد أيضا من الملف الذي ينتهي ينتهي في. pqr ولكن مرة أخرى فإن العدد لن يكون هو نفسه كما في هذه الصورة مقدمة إلى أبس أبس هو أداة مفيدة للعثور على الحقل الكهربائي للبروتين. يجب أن تكون بعض المكونات في مكان ل أبس للعمل بما في ذلك المساحات البيضاء يجب أن تكون في مكان كيف لتشغيل البروتين من خلال أبس (على الانترنت) الخطوات اتبع الخطوات نفسها في صنع بنية نموذج البروتين PDB2PQR، باستثناء فارق صغير، ثم انقر فوق تقديم، وسوف يأخذك إلى صفحة ل PDB2PQR روند البروتين. على أسفل الصفحة، انقر فوق وانتظر حتى يتم تشغيل أبس ثم قم بتحميل ملف. dx. gz، وهذا هو نهاية جلسة أبس ملاحظة: يمكن إلغاء تثبيت ملف. dx. gz باستخدام أي إعداد برنامج أونزيبينغ متابعة جهاز الكمبيوتر الخاص بك ل أبس شروط: هذا هو لمستخدمي ويندوز فقط ( ) من أجل تشغيل أبس باستخدام سطر الأوامر، سوف تحتاج إلى أولا تحميل أبس ثنائي من سورسيفورجيبروجكتسابس وكذلك تحميل أحدث إصدار بيثون الإصدار 2 (python. orgdownloadreleases2.7.2 اعتبارا من 882014). لماذا استخدام سطر الأوامر أنه يعطي المستخدم أكثر من ذلك بكثير السلطة على وظائف قابلة للتنفيذ، على الفور بفك الملف، وبسيطة جدا للاستخدام. لجعل الدليل، ببساطة نسخ ولصق C: Python27C: Python27 سكريبتس: Utilpdb2pqr-ويندوز-بن-1.9.0C: أبسبين وانقر فوق موافق. يمكنك الآن تشغيل أبس كيفية تشغيل أبس من سطر الأوامر ديساليمر: هذا توتوريال يستخدم ويندوز ويندوز و ويندوز كوماند برومبت أولا، قبل تشغيل أبس من خلال سطر الأوامر، يجب التأكد من ملفات البروتين المطلوب في نفس المجلد كما موجه أوامر أبس. إذا أبس تحميلها بشكل صحيح، يجب أن يكون في محرك الأقراص C () عند فتح جهاز الكمبيوتر من القائمة ابدأ. انقر على المجلد أبس، وفي المجلد أبس جعل مجلد جديد لجميع البروتينات الخاصة بك يرجى تسمية المجلد وفقا لذلك، وتذكر اسم المجلد. من المهم أن نتذكر أنه عند وضع ملفات البروتين في المجلد، تحتاج إلى وضع كل من بير وكذلك الملف إن المقابلة. يمكن الحصول على ملفات بير و إن على حد سواء من خادم الويب PDB2PQR. (ملف بير هو معلومات عن البروتين، في حين أن الملف إن هو ملف الأوامر التي تخبر أبس كيفية حساب الحقول الكهروستاتيكية. في ملف فريد من نوعه لملف بير واحد (كما أنه يحدد الأوامر إلى ملف بير واحد فقط) كما يحتوي على معلومات أخرى مثل الأبعاد ومواصفات الحساب، وكلاهما يحتاج إلى تشغيل أبس) مثال على خادم الويب pdb2pqr و بير وفي الملفات الآن بعد أن يتم إعداد المجلدات، يمكنك فتح سطر الأوامر. لفتح القائمة ابدأ، اكتب cmd. exe وفتح موجه الأوامر هذا هو تنفيذ سطر الأوامر أبس. يجب أن تبدو موجه الأوامر شيئا مماثلا لهذا: الآن، اكتب الفضاء، سد، الفضاء، أبس وضرب إنتر. أنت الآن في مجلد أبس. للوصول إلى المجلد الخاص بك من البروتينات، اكتب في القرص المضغوط، والفضاء، ثم اكتب في الحرف الأول من اسم المجلد الخاص بك وضرب علامة التبويب حتى ينبثق اسم المجلد الخاص بك. ثم اضغط إنتر (ما هو مفتاح التبويب هو العثور على كافة الملفات التي تبدأ بالحروف التي قمت بكتابتها، على سبيل المثال، إذا قمت بكتابة i، ثم علامة التبويب، موجه الأوامر سوف تنخفض، أبجديا، كل ما تبذلونه من الملفات في المجلد الذي يبدأ مع i) الآن أن كنت في المجلد الخاص بك مع بير و إن الملفات الخاصة بك، وذلك باستخدام مفتاح علامة التبويب (كما ذكر أعلاه)، اكتب الحرف الأول من الملف إن المطلوب. هذا هو أبس مهم جدا لا يحتاج إلى ملف بير، فإنه يحتاج إلى ملف إن للعمل. بمجرد العثور على ملف إن الخاص بك، اضغط على إنتر و أبس تشغيل حساباتها وحفظ ملف دكس (ملف يحتوي على إحداثيات الحقول الإلكتروستاتيكية) في المجلد الخاص بك. يتم الانتهاء من تشغيل أبس حجم الذاكرة المحتملة ومشاكل قيمة الدايم يمكنك العثور على قيم الدايم عن طريق الذهاب من خلال ملف الإدخال (.in). يمكنك تغيير قيم ديم لملف أبس من خلال الذهاب إلى محرر نص وتغيير القيم الافتراضية يدويا. الصورة أعلاه يظهر نموذج ملف. in، والتي يمكن الحصول عليها بعد تشغيل PDB2PQR على البروتين المطلوب. قيم الدايم هي أبعاد للشبكة شيز للبروتين. كل نقطة الشبكة يتطلب حوالي 160B من الذاكرة، والحصول على العدد الإجمالي إذا نقاط الشبكة يتم ضرب x، y، z عناصر الشبكة. يتكرر حلالا متعدد الشبكات على جميع هذه العناصر للعثور على الإمكانات الكهروستاتيكية في كل من تلك المواقع. قيم الدايم الافتراضي في PDB2PQR تستند إلى حجم البروتين. للتوسيع على قيم ديم، حيث أن الكمبيوتر يعرف فقط عن 1s و 0 s اتفاقية يستخدم لترميز وفك رموز إلى البتات والبايت في الذاكرة وهذا غالبا ما يسمى نظام نوع. وبايتة 8 بتة لها ثماني فتحات للبتة (1 أو 0) لذلك، إذا كنت تفكر في الأرقام الإيجابية فقط، فقد تحتفظ بقيمة بين 0 (00000000) و 28 1 (11111111) وهي 255 (على الرغم من أن 28 هو 256، وعلينا طرح واحد لأن 0 يأخذ فتحة). المشكلة هي أن أبس استخدم عدد صحيح موقعة في الإصدار 1.4 لتخزين العدد الإجمالي للعناصر. إذا كان المجموع أكبر من 2 (n-1) - 1، حيث n هو عرض عدد صحيح (في حالتنا 32 بت واسعة إنت حتى 2 (n-1) 2،147،483،648) ثم تجاوز عدد و بدا سلبيا رقم. أبس والتصور البروتين المطلوب لهذا البرنامج التعليمي بيمول (1FAS a. k.a فاسيكولين-1). فاسيكولين-1 هو أسيتيلكولينستراس (هذا المركب ينتهي التواصل بين خلايا العضلات) المانع وجدت في السم من مامبا الخضراء. وهذا يسمح لإمكانية العمل للذهاب غير مكتشفة مما يسبب تقلصات العضلات غير الطوعي الصغيرة (أنه يشل الموضوع حقن). لإعداد جزيء اتباع مقدمة ل PDB2PQR تعليمات أعلاه.